腸胃道潰瘍出血者就不會建議吃益生菌，因為如果胃黏膜有破損、十二指腸黏膜有破損，或是正在出血的時候吃益生菌，這些細菌是有可能經由這個破損傷口跑到血液裡去。益生菌它本身是好菌，可是如果跑到血液裡，數量又太多，還是有可能會造成敗血症的。所以如果有很嚴重的潰瘍，或是腸胃出初血的話，是不建議吃益生菌的。
另外，一些在打化療的病人也不建議吃益生菌。因為有些人打化療的時候，白血球會降得非常低，這時候免疫力可能是非常的低下，同時如果又吃了太多的益生菌，則有可能會變成致命的血菌，會引起敗血症。
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最後要提醒各位，買益生菌前要先看看包裝有沒有經過政府的認證。因為現在有一些比較不好的廠商，為了要強調它的療效會偷偷加一些瀉藥，比如說加一些含鎂的成分，或是加一些番薯葉、蘆薈素這些都是類瀉藥成份。而且大家要知道自己是為了甚麼而吃益生菌，為了整理腸胃道就應該吃專門針對腸胃道的益生菌；要治療過敏的話，就要吃專門治療過敏的益生菌。不能又吃腸胃道又吃過敏又吃失眠的，通通混在一起